Στις 29 Φεβρουαρίου και 1 Μαρτίου 1948 πραγματοποιήθηκε στη Μακρόνησο,που είχε μετατραπεί σε στρατόπεδο συγκέντρωσης αριστερών στρατιωτών, ένα από τα πλέον φρικιαστικά εγκλήματα της περιόδου του Εμφυλίου Πολέμου, με περισσότερους από 300 νεκρούς.
Συγκεκριμένα, το πρωί της Κυριακής 29
Φεβρουαρίου 4.500 κρατούμενοι φαντάροι ξεκίνησαν συντεταγμένα για τον υποχρεωτικό εκκλησιασμό.
Όταν οι αλφαμίτες υποχρέωσαν και τους ασθενείς στρατιώτες να ακολουθήσουν, ξέσπασαν μαζικές διαμαρτυρίες που χρησιμοποιήθηκαν ως πρόσχημα για την ένοπλη επίθεση κατά των κρατουμένων. Αργότερα διαπιστώθηκαν τα ονόματα 5 νεκρών και 10 βαριά τραυματισμένων.Το πρωί της επόμενης μέρας, από περιπολικό του Βασιλικού Ναυτικού, ο διοικητής του στρατοπέδου συγκέντρωσης απευθύνθηκε με τηλεβόα προς τους κρατούμενους: «Στρατιώται, σας ομιλεί ο συνταγματάρχης Μπαϊρακτάρης! Συλλάβατε και απομονώσατε τους δολοφόνους που δημιούργησαν τα χθεσινά γεγονότα! Αποδοκιμάσατε τους αρχηγούς σας και συγκεντρωθείτε εις τον 7ον λόχον. Σας δίνω – απειλούσε ο Μπαϊρακτάρης – 5 λεπτά προθεσμία ν” αποχωριστείτε από τους κομμουνιστάς…». Και στη συνέχεια άρχισε να μετρά αντίστροφα: «τρία λεπτά… δύο λεπτά».